Инновационная образовательная программа Академии, реализуемая с 1991 года, представляет собою комплекс научно-исследовательских работ (фундаментальных и прикладных исследований), опытно-конструкторских работ (разработок) и проектно-аналитических работ. Эти работы ориентированы как на внутренние задачи инновационного образовательного учреждения (система управления вузом, организация учебно-образовательного процесса, содержание и технологии подготовки и др.), так и на внешние работы по диссеминации накопленного в Академии опыта (информационная система управления учебным процессом, кредитно-модульные технологии, технологии подготовки управленческих кадров, управленческий консалтинг и др.).
Научно-исследовательские, опытно-конструкторские и проектно-аналитические работы в Академии прошли несколько этапов становления